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目標(biāo)區(qū)域高通量測序服務(wù)

 更新時間:2019-02-19 點(diǎn)擊量:1861

目標(biāo)區(qū)域高通量測序介紹

目標(biāo)區(qū)域高通量測序是一種高度特異和靶向的方法,是指采用各種技術(shù)手段將待檢測的目標(biāo)區(qū)域富集之后,進(jìn)行高通量測序的研究策略。目標(biāo)區(qū)域的高深度測序可以有效識別基因的變異并對其進(jìn)行特征譜分析,通常用于分析特定基因組區(qū)域中的DNA變異,尤其是腫瘤的基因組研究。

目標(biāo)區(qū)域高通量測序的策略與區(qū)別

 

液相雜交捕獲

擴(kuò)增子測序

富集策略

探針雜交

多重PCR

適用范圍

100k<目標(biāo)區(qū)域<100M

目標(biāo)區(qū)域<100k

檢測變異類型

SNP、大片段Indels、融合基因、基因擴(kuò)增等。

SNP、小片段Indels、基因擴(kuò)增等

核酸起始量

100-200ng

50-100ng

優(yōu)勢

發(fā)現(xiàn)新的SNP、融合基因、大片段Indels等

常用于發(fā)現(xiàn)低頻突變(低于0.1%),可用于ctDNA的研究

制約因素

探針捕獲效率

panel擴(kuò)增均一性

擴(kuò)增子測序
原理:通過設(shè)計(jì)目標(biāo)基因組區(qū)域的引物,經(jīng)多重PCR反應(yīng)擴(kuò)增將目標(biāo)區(qū)域DNA富集純化后,進(jìn)行高通量測序和數(shù)據(jù)分析。通常用于擴(kuò)增區(qū)域較?。?lt;100k)的情況。

技術(shù)流程

技術(shù)優(yōu)勢

目標(biāo)區(qū)域小,測序成本較低,測序深度通常可高達(dá)10000X(常規(guī)全外顯子組測序?yàn)?00X),因此可以發(fā)現(xiàn)低頻的突變。

可選panel:包括現(xiàn)成產(chǎn)品(適合不同腫瘤的基因組合)和個性化定制兩種

Panel類型

50 gene

BRCA1/2

定制

適用腫瘤

所有腫瘤

乳腺癌

覆蓋基因組

 

覆蓋區(qū)域

熱點(diǎn)突變區(qū)

全外顯子區(qū)

擴(kuò)增子數(shù)目

207

148

Panel大小

40K

17K

 

panel名稱

適合腫瘤

適用樣本

應(yīng)用

50 gene panel

(可定制)

所有腫瘤

FFPE

從腫瘤組織切片中檢出腫瘤特異性低頻突變,可以應(yīng)用于腫瘤患者的靶向用藥指導(dǎo)、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。

血漿(ctDNA)

從ctDNA檢出腫瘤特異性低頻突變,可以應(yīng)用于腫瘤的超早期篩查、腫瘤患者的靶向用藥指導(dǎo)、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。

BRCA1/2 panel

乳腺癌

全血

檢測乳腺癌BRCA1/2易感基因上存在的致癌熱點(diǎn)突變。

 

樣品要求
1、樣品純度要求:OD值應(yīng)在1.82.0之間;電泳檢測無明顯非特異性雜帶,PCR產(chǎn)物條帶清晰、完整。
2、樣品濃度:純化后PCR產(chǎn)物濃度不低于5 ng/ul。
3、樣品總量:樣品總量不低于200ng。
4、樣品信息:請?zhí)峁〥NA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。
服務(wù)流程
1、提交項(xiàng)目課題相關(guān)需求和資料。
2、與我們的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)討論項(xiàng)目細(xì)節(jié)。
3、根據(jù)討論后的意見對實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行修改。
4、雙方均滿意并達(dá)成一致,簽訂技術(shù)服務(wù)合同。
5、開展實(shí)驗(yàn),按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
6、結(jié)題,提供實(shí)驗(yàn)原始結(jié)果和分析結(jié)果、實(shí)驗(yàn)流程、實(shí)驗(yàn)條件等等。
我們的優(yōu)勢
1、游離DNA純化技術(shù)能有效去除基因組DNA污染,使定量更準(zhǔn)確。
2、擴(kuò)增子生成技術(shù)提高了擴(kuò)增子生成的均一性,降低測序成本。
3、低頻突變生物分析技術(shù)能有效在背景中檢出相關(guān)低頻突變。
4、為了克服PCR擴(kuò)增中引入的人源誤差,在進(jìn)行任何擴(kuò)增之前加入UMIs(unique molecular indices),從而保留起始DNA分子的wei一性并克服PCR擴(kuò)增帶來的假陽性問題,以及文庫構(gòu)建過程中引入的偏差。
咨詢與訂購 
感謝您選擇我們的服務(wù),如果您有任何問題,請聯(lián)系我們,我們將竭誠為您解答和服務(wù)。 
 

 

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